清朝前期疆域辽阔，西北到达巴勒喀什池，整个新疆地区都在清朝的统治之下，为了更好地管理该地区，朝廷设置的机构是（ ）。

【答案】D

【解析】A项错误，西域都护府是汉朝中央政府设置管理西域的最高军政机构，负责统领西域诸国，颁行朝廷号令。

B项错误，唐朝时期，在西北地区设立安西都护府，主管西域（今新疆和中亚地区）事务。安西都护府的管辖面积多达300万平方公里，西至咸海，甚至还包括波斯地区。

C项错误，元朝设置•北庭都元帅府等机构管理西域的军政事务，加强了对西域的管辖。

D项正确，为了更好地管理新疆，清朝设置伊犁将军，伊犁将军为清朝新疆地区最高官职，统辖新疆南北两路。

故正确答案为D。